Nadie se quería mover de una Cerámica todavía en éxtasis por histórica victoria ante el Bayern. Apenas dirigió tres partidos al Villarreal CF: un empate en Liga en casa ante Osasuna, eliminación en Copa en la primera ronda contra el Hércules CF y perder la final de la Copa Intertoto ante el Málaga CF. Nominado al mejor gol de la Copa Confederaciones. El 6 de junio, rompió el récord al anotar el único gol para derrotar a Costa Rica en un amistoso en Buenos Aires antes de la Copa América 2015. Fue el capitán del equipo en el torneo, pero no pudo anotar en tres partidos de grupo y perdió la titularidad con Jackson Martínez para los cuartos de final en el que caerían por penaltis frente a Argentina el 26 de junio. Con ese dinero se financió el único fichaje con coste de la temporada, Juan Román Riquelme, camiseta al nassr futbolista argentino que había hecho una gran actuación en la Copa Intercontinental 2000 ante el Real Madrid.
En un derbi vasco ganado por la Real Sociedad (4-2), el jugador del Athletic Club Carlos Gurpegui, autor de los dos goles bilbaínos en su partido de debut en La Liga, dio positivo por nandrolona, un hecho que conlleva dos años de sanción. Encuadrados en un grupo único, y siguiendo un sistema de liga, se enfrentaron todos contra todos en dos ocasiones -una en campo propio y otra en campo contrario- durante un total de 38 jornadas. Champions eliminó al Liverpool en la primera ronda, y ganó un grupo de segunda fase con rivales potentes como AS Roma, Arsenal y Ajax de Ámsterdam. En la primera fase de una Champions de gran nivel, hundieron al gigante alemán, el Bayern de Múnich, ganando los dos enfrentamientos y convirtiéndose en el primer equipo español que derrotaba a este club en su estadio. No pudieron sacar provecho de una ventaja de 1-0 en la ida, después perdieron por 2-0 en el Estadio La Rosaleda y así fueron eliminados. El estadio se inauguró para la Copa Mundial de 2006 con el nombre de Estadio de la Copa Mundial de la FIFA de Múnich, antes de ser rebautizado como Allianz Arena por motivos de denominación.
Durante este periodo el equipo utilizó un innovador sistema de juego que se haría famoso con el nombre de «Schalker Kreisel», precursor de los actuales rondos. Basando su juego en la defensa, el portero Pablo Cavallero ganó el Trofeo Zamora. Más tarde esa semana, el Arsenal tuvo un dramático juego de liga ante Southampton y empató 3-3 inesperadamente, regresando de un déficit de dos goles. En Liga, con Radomir Antic el Barça consiguió remontar hasta obtener el último billete hacia Europa, el de la sexta plaza, para lo cual necesitó ganar los últimos cuatro partidos, algunos de ellos ante equipos en plazas europeas como Valencia y Celta. Igual que en la temporada anterior, dispusieron de la mejor defensa de La Liga, recibiendo solo 35 goles, pero la ausencia de un delantero goleador que sí tenían sus competidores por el título impidió al Valencia mantener el ritmo de éstos. La Liga 2002-03 comenzó con los cuatro primeros clasificados de la temporada anterior, Valencia, Deportivo de la Coruña, Real Madrid y Barcelona como favoritos para el título. El entrenador italiano fue despedido del Real Madrid después de ganar el título de Liga en 2007. Si en 1996 fue él el que se marchó, esta vez fue el club el que lo decidió.
Su primer partido se produjo el 24 de agosto del mismo año, en la derrota por 4-0 contra Tottenham, en el que entró de titular y participó de todo el cotejo. Le pide calma el técnico del Villarreal a los suyos para aguantar el vendaval del Bayern en estos momentos del partido. En la temporada 1997-1998 formó parte del cuerpo técnico de la selección neerlandesa de fútbol, junto a otras leyendas del fútbol neerlandés como Johan Neeskens y Frank Rijkaard. Dos equipos de la zona baja, como Villarreal y Racing de Santander consiguieron la clasificación para la Copa Intertoto, llegando los castellonenses hasta la final de este trofeo veraniego, para conseguir el pase a la Copa de la UEFA, la primera participación en competición europea del Villarreal, tras vencer en la final al Heerenveen holandés. El verano de 2002 estuvo marcado por la Copa Mundial de Fútbol ganada por Brasil. En una pésima situación económica tras dos años de grandes gastos que no se tradujeron en títulos, el club catalán regaló a Rivaldo, una de las figuras del club y del Brasil campeón del mundo, al AC Milan, para ahorrar el resto de su contrato, unos 18 millones de euros.
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